作中には『マザー・グース』のパロディともいうべきシーンが多く含まれており、特に "Who killed Cock Robin?"（「誰が殺したクックロビン」）というフレーズが、「クックロビン音頭」として登場することで有名である（チェット・ベイカーのスタンダードナンバーのパロディという説もある）。アニメにおいては後期のエンディングテーマに採用されるなど反響を呼んだ。これらマザー・グースに関連する内容はすべて萩尾望都の『ポーの一族』へのオマージュによるものとされる。
作者の落語好きから、そこかしこに落語ネタが登場する。作者自身もインタビューで連載のストーリー作りを「三題噺」に喩えている。例として、マリネラ国歌が落語の出囃子風だったり（“チャカチャンリンチャンリン”と表現される事が多い）、毒蝮三太夫が立川談志を駅のホームで洒落で突き落とそうとしたエピソードなどがある。
他にも作者の大相撲好き、浪曲やミステリー嗜好から、その方面のネタも多数登場する（クトゥルフ神話や、アシモフ等の古典SFの影響も見られる）。
作者の趣味で一番反映されているのは宝石のネタであろう（ダイヤモンドはマリネラの基幹産業である。作者は独身時代から宝石収集を趣味としている）。
作品中頻繁に作者や妻・子供、担当者が登場し（妻・子供はモブシーンのみ）、主に作者とパタリロが絡む事が多いが、作品中で作者と担当者が作品の内容について議論したり、「花とゆめ」編集部内が描かれたりする。
また、作者の個人的趣味や要望が描かれる事も多い。タカラヅカの話題、中島みゆきや谷村新司の話題、日清食品のカップうどん「どん兵衛」が関東と関西で味付けが違うことについて、ハウス食品のラーメン「好きやねん」が美味しいなる感想、バレンタインデーにチョコレートを編集部宛に送ってくれとか、完全にストーリーとはかけ離れたメタフィクショナルな個人的な話題である。
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